Afkule Manastırı, denizden 245 m yükseklikte kalker bir kayalığın batı yamacında, denizden kuş uçuşu 230 m uzaklıktadır. Afkule Manastırı'na gitmek için Kaya Mahallesi'nden Gemile Koyu'na giden asfalt yoldaki Afkule Kamping'in batısındaki orman yoluna girmek gerekmektedir. Oldukça bozuk, stabilize bu orman yolu 950 m sonra araç trafiğine kapanmaktadır. Afkule Manastırı'na ulaşım bundan sonra yaklaşık 870 m'lik küçük bir patikadan sağlanmaktadır. Patikanın büyük bir bölümü boşluklu kapalı ormanla çevrilidir. Patikanın kuzeyinde, patikanın bir bölümüne paralel olarak eşlik eden Akkula Deresi bulunmaktadır. Akkula Deresi günümüzde mevsimlik bir dere özelliğinde olup daha çok sel yatağı niteliğindedir. Patikanın en büyük risk potansiyelini Afkule Manastırı'na inen yamaç oluşturmaktadır. Yamaç boyunca bazen zikzaklar şeklinde, bazen de dik açılarla inen bu yolak, küçüklü büyüklü basamaklar, kaba toprak ve taşlardan oluşturulmuştur.

Patikada ilk karşılaşılan kültür varlığı, patikanın batısında, Afkule Manastırı'nın bulunduğu yamacın üst kısmındaki sırtta yer alan 1 nolu yapıdır "Şekil 3.". Yapı doğu-batı doğrultulu, dikdörtgen planlı, kesme blok kireç taşlardan yapılmıştır. Yapının iç mekânındaki kuzey ve güney duvarında karşılıklı olarak yapılmış, dört sağır kemer bulunmaktadır. Yapı gerek yapım tekniği gerekse mimari özelliği açısından Afkule Manastırı'na oranla daha erken bir döneme aittir. Yapı çevresindeki ve iç mekânındaki moloz yığınları, yapıyı ziyaret ve dolaşım açısından tehlikeli kategorisinde değerlendirmemize neden olmuştur.

Çevre duvarları manastırların tanımlanmasında belirleyici olan en önemli unsurlardan biridir. Afkule Manastırı'nın bulunduğu topoğrafik yapı, manastırın yalnızca güney ve güneybatı yönünden bir çevre duvarıyla koruma altına alınmasına neden olmuştur. Doğu batı doğrultulu çevre duvarı, inşa edildiği topoğrafyaya uygun olarak güneybatıya doğru kıvrılmakta ve burada bulanan küçük bir kapı açıklığıyla sonlanmaktadır "Şekil 7". Güney çevre duvarı, tuğla dolgulu, horasan harçlı, gri kireç taşlarından yapılmıştır. Giriş kapısının güneydoğu yamacı istinat duvarlarıyla güçlendirilmiştir. Manastıra giriş, basık kemerli bir kapıdan gerçekleştirilmektedir. Kapının kemer bölümünde ise taş yerine, taşa oranla daha hafif ve kemer inşasını daha da kolaylaştıran tuğla tercih edilmiştir. Kapıdan tek bir basamakla manastır avlusuna girilmektedir. Güney çevre duvarının avluya bakan yüzünde daha belirgin görülen hatıl delikleri, avlunun bu bölümünün bir sundurmayla örtüldüğünü göstermektedir.

Avluda teraslama sistemiyle oluşturulmuş, kuzey güney doğrultulu geniş sahanlıklar yapılmıştır. Avlunun doğusundaki ana kayanın kuzey köşesinde bulunan doğal kaya boşluğunun güney ve batı kesimleri taş duvarlarla örülerek küçük bir mekâna (4 Nolu Mekân) dönüştürülmüştür "Şekil 8.". Ana kayanın zemin seviyesindeki 4 nolu mekânın giriş kapısı, batıya bakmaktadır. Giriş kapısının yanında (kuzey tarafında) açılan yatay, dikdörtgen bir pencere ile mekân aydınlatılmıştır. Doğal kaya boşluğundan oluşan 4 nolu mekân, doğu batı doğrultulu ayırıcı bir duvarla ikiye ayrılmıştır. Ayırıcı duvar üzerindeki mazgal pencere, ışığın aynı zamanda diğer küçük odaya da ulaşmasını sağlamıştır. Bu mekândaki kaçak kazıların yarattığı tahribat, yapının gerek planını gerekse de kullanış amacını tespit etmeyi imkansızlaştırmaktadır. Ancak mekânın boyutları, yapının hücre (inziva alanı-çilehane) olarak hizmet vermiş olabileceğini düşündürmektedir. 4 nolu mekânın batı duvarındaki tahribat, 6 nolu mekânın apsisine açılmaktadır.